Azərbaycanın tarixi inkişafının xüsusiyyətləri, coğrafi mövqeyi, əhalisinin etnik tərkibi burada müxtəlif dinlərin mövcudluğuna şərait yaratmışdır. Ayrı-ayrı dövrlərdə bütpərəstlik, zərdüştlük, iudaizm, xristianlıq, islam və bir çox başqa dini cərəyanlar ölkədə bu və ya digər dərəcədə yayıla bilmiş, bir-birinə qarşılıqlı təsir göstərmişdir.

Azərbaycan islam dininə, islam mədəniyyətinə mənsub bir ölkədir. İslam Azərbaycanda VII əsrin ikinci yarısından etibarən dərin kök salmış, insanların davranışına, düşüncəsinə, mənəviyyat və mədəniyyətinə müəyyənedici təsir göstərmişdir. Bu təsir o qədər güclü olmuşdur ki, onilliklər boyu xalqı öz milli-mədəni köklərindən ayırmaq cəhdləri heç bir nəticə verməmiş, dövlət müstəqilliyini qazanmış ölkə yenidən islama, bu dinin mənəvi-mədəni ənənələrinə üz tutmuşdur.

VII əsrin əvvəllərində Ərəbistan yarımadasında meydana çıxan islam tezliklə dünyanın böyük bir hissəsində yayıldı. Azərbaycanın islamlaşması da erkən islam fütuhatı ilə hicrətin 18-ci ilindən (639-cu il) başlanır. Ərəblərə məğlub olan Azərbaycanın mərzbanı İsfəndiyar ibn Fərruxzad həmin il sülh müqaviləsini bağladı. Ərdəbil, Təbriz, Naxçıvan, Beyləqan, Bərdə, Şirvan, Muğan, Arran fəth edilir, ərəblər Xəzər sahili boyu Dərbəndə kimi gəlirlər. Ərəbləri şəhərin istehkamları heyran edir və onlar Dərbəndi "Bab əl-Əbvab" adlandırırlar. Tarixçi Bəlazurinin məlumatına görə, artıq xəlifə Əli ibn Əbu Talibin hakimiyyəti dövründə (656-661) Azərbaycan əhalisinin əksəriyyəti islamı qəbul etmişdi. Şimalda bu proses bir qədər uzun çəkmişdir. Ərəblər fəth etdikləri ərazilərdə əhali üzərinə vergi qoyur, sülh müqaviləsi bağlayıb yürüşlərini davam etdirir, sonra yenə geri qayıdırdılar. Yerli əhali vergiləri verməkdən imtina etdikləri halda hücumlar başlanırdı.

İslam fütuhatı çox yerdə sülh yolu ilə (sülhən), bəzi yerlərdə isə silah gücünə (ənvətən) həyata keçirilirdi. Fəth edilmiş ərazilərdə bütpərəst əhaliyə islamı qəbul etmək təklif olunurdu, qəbul edənlər zəkat və xərac ödəyir və "evlərində otururdular", yəni müsəlmanların sırasında döyüşlərdə iştirak etmirdilər. Döyüşlərdə iştirak edənlərə hərbi qənimətlərdən pay düşürdü. İslamı qəbul etməyən yəhudi və xristianlar cizyə ödəyir və müsəlmanların himayəsi altında olurdular. İslamı qəbul etməkdən imtina edən bütpərəstlər və ya cizyə ödəmək istəməyən kitab əhli müsəlmanlarla döyüşməli olurdular. Sərhəd məntəqələrində ancaq müsəlmanlar yaşayırdılar. Bu məntəqələri möhkəmlətmək üçün Xilafətin müxtəlif vilayətlərindən gələn müsəlmanlar burada yerləşdirilir, islamı qəbul etməyən yerli əhali isə bir qədər kənara - "rabat" adlanan yerlərə köçürülürdü. Bu dövrdə ərəb sərkərdələrinin bağladıqları sülh müqavilələrində əhalinin canı, malı və dininin toxunulmazlığı əsas şərt kimi göstərilirdi.

Azərbaycanda islamlaşmanın birinci mərhələsi VII əsrin ortalarından VIII əsrin əvvəllərinə qədər davam edən islam fütuhatı dövrünü əhatə edir. Bu mərhələ 705-ci ildə Alban dövlətinin süqutu və alban kilsəsinin öz müstəqilliyini (avto-kefallığını) itirməsi ilə bitir. Akademik Z. Bünyadovun göstərdiyi kimi, bu mərhələnin sonunda islam Azərbaycanda hakim din olur, onu öz imtiyazlarını qorumaq üçün ilk növbədə və qeyd-şərtsiz yuxarı silk adamları qəbul edirlər. Yeni din tacir və sənətkarlar arasında da yayılır, çünki ərəblər tərəfindən onlara güzəştlər olunurdu. Bu mərhələdə məscidlər tikilmir, qədim məbədlər və islamlaşma nəticəsində istifadəsiz qalmış kilsələr məscidlərə çevrilir, tayfa şüurunun üstünlüyü qorunub saxlanılırdı.

İkinci mərhələ VIII əsrin əvvəllərindən Qərbi İranda və İraqda Büveyhilərin hakimiyyətinəqədərki dövrü əhatə edir. Azərbaycan ərazisində müstəqil Şirvanşah Məzyədilər və Sacilər dövləti yaranır. Bütpərəstlik, zərdüştilik əhəmiyyətini itirir, iudaizm mövcudluğunu qoruyub saxlayır, Alban kilsəsi müstəqilliyini bərpa edir, lakin nüfuz dairəsi zəiflədiyindən ardıcılları erməniləşir, ayinlər erməni dilində aparılırdı. Bu dövrdə islama mənsubluq şüuru güclənir, amma etnik köklərlə bağlılıq da qalır. Abbasilər hakimiyyətinin ilk dövründən başlanan şüubilik hərəkatı, Babək hərəkatı (816-838) buna ən parlaq misaldır. Sərhəd məntəqələrində islam təsəvvüfü təşəkkül tapır.

Üçüncü mərhələ Büveyhilərin hakimiyyəti dövrünü (935-1055) əhatə edir. Bu dövrdə Azərbaycanda mötədil şiəlik yayılmağa başlayır və Dərbəndə qədər gedib çıxır. Sünni hənəfi və şiə imami məzhəbləri aparıcı məzhəblər olurlar. Sufilik də özünə xeyli ardıcıllar tapır. Bu dövrün ən gözəl sufi abidələrindən biri Hacıqabul rayonunun Qubalıbalaoğlan kəndində yerləşən Pirsaat xanəgahıdır.

Dördüncü mərhələ Səlcuqilər dövrü (XI əsrin ortaları – XIII əsrin ortaları) ilə bağlıdır. Bu mərhələdə sünnilik bölgədə güclənir, şiəliyin mövqeləri zəifləyir. Şafii məzhəbi aparıcı məzhəb olur. Sufi təriqətləri geniş yayılır. Azərbaycan Atabəyləri və Şirvanşahlar islamı xristianların təzyiqindən qoruya bilirlər.

Beşinci mərhələ monqol istilaları dövrünü (XIII əsrin 1-ci yarısı – XV əsrin 2-ci yarısı) əhatə edir. Bu dövrdə sufilik geniş yayılır. Hürufilik güclənir. Onun banisi Fəzlullah Nəimi idi. Əbülhəsən Əliyyül-Əla və şair Nəsimi hürufiliyin ən nüfuzlu nümayəndələri kimi şöhrət tapmışlar. Bu dövrdə sufi xəlvətiyyə təriqətinin ikinci piri Seyyid Yəhya Şirvani Bakuvi Xəlvəti çox məşhur olmuşdur. Ağqoyunlu hökmdarı Uzun Həsənin qardaşlarından biri xəlvətiyyə şeyxi Dədə Ömər Rövşəninin ardıcıllarından idi. İbrahim bin Məhəmməd Gülşəni XV əsrin 2-ci yarısında xəlvətiyyənin bir qolu kimi gülşəniyyə təriqətinin əsasını qoyur. Sonralar bir çox sufi təriqətləri, o cümlədən nəqşbəndiyyə Azərbaycana və Azərbaycan vasitəsilə Şimali Qafqaza nüfuz etmişdir.

Altıncı mərhələ Səfəvilərin (1501-1786) və XVI əsrdən etibarən Osmanlıların (1281-1924) hakimiyyəti dövrü ilə bağlıdır. Səfəvilər şiəliyi təbliğ edir və başlarına 12 şiə imamının şərəfinə 12 qırmızı zolağı olan əmmamə bağlayırdılar. Buna görə də onlar "qızılbaşlar" adlanırdılar. Çaldıranda Səfəvilərə qalib gələn Osmanlılar Azərbaycanda sünni hənəfi məzhəbini yayırdılar.

Azərbaycanın Rusiya imperiyasına ilhaq edilməsindən sonrakı dövr də ölkənin islamlaşmasının yeni mərhələsi sayılır. Bu mərhələnin ən səciyyəvi xüsusiyyəti hökumətin müsəlman din xadimlərini ələ almaq və özünə tabe etmək məqsədilə xristianlıqdakı kilsə strukturuna bənzər islam dini qurumu yaratmaq siyasəti ilə bağlıdır. Rus çarının 1832-ci il noyabrın 29-da Senata göndərdiyi məktubda Zaqafqaziya müsəlmanlarının dini işlər idarəsi barədə əsasnamə hazırlanması təklif olunurdu. Lakin hazırlanmış layihələrin heç biri bəyənilmədi. 1864-cü ildə həmin işi davam etdirmək üçün yeni komissiya yaradıldı, yerli şiə və sünni məzhəblərinin nümayəndələri də komissiyanın tərkibinə qatıldılar. Hazırlanan təlimatlar müsəlman ruhanilərinin vəzifələrini, hüquq və imtiyazlarını, dünyəvi hakimiyyətlə münasibətlərini tənzim edirdi. 1867-ci ilə qədər hökumətdən yalnız şeyxülislam və müfti maaş aldığı halda, həmin ildən etibarən digər yüksək rütbəli müsəlman ruhaniləri də maaş almağa başladılar. "Zaqafqaziya şiə və sünni məhəmmədi ruhanilər idarəsi haqqında Əsasnamə" Dövlət şurasının təqdimatı ilə Rusiya çarı tərəfindən 1872-ci il aprelin 5-də təsdiq edildi.

İdarənin təşkilində rus pravoslav kilsəsinin quruluş prinsipi əsas götürülmüşdü. Cənubi Qafqazda 2 müsəlman inzibati orqanı - müftinin başçılığı ilə sünni ruhani idarəsi (müftilik) və şeyxülislamın sədrliyi altında şiə ruhani idarəsi (şeyxülislamlıq) yaradıldı. Tiflisdə yerləşən bu iki idarənin hər biri sədrdən, idarə heyətinin üç üzvündən, iki köməkçisi ilə birlikdə katibdən, mütərcim, mirzə və arxivariusdan ibarət idi. Hər iki idarənin tabeliyində Tiflis, İrəvan, Yelizavetpol (Gəncə) və Bakı quberniyalarının hərəsində 1 məclis olmaqla 4 məclis var idi. Sünni idarəsində 16, şiə idarəsində 20 qazı var idi. İdarələr Daxili İşlər Nazirliyinin nəzarəti altında idi və birbaşa canişin qarşısında məsuliyyət daşıyırdı. Quberniya səviyyəli ruhanilər quberniya və qəzalardakı yerli hakimiyyətlərə tabe idilər.

Azərbaycan Xalq Cümhuriyyəti (1918-1920-ci illər) yaranana qədər Cənubi Qafqaz müsəlmanlarının dini işləri bu iki idarə tərəfindən tənzim edilirdi. Bu dövrdə islamı müasirləşdirmək meyilləri güclənir.

1920-ci ildə Azərbaycanda sovet hakimiyyəti qurulduqdan sonra şeyxülislamlıq təsisatı ləğv edilir, müsəlman din xadimləri təqiblərə məruz qalır, məscidlərin əksəriyyəti bağlanır. 1943-cü ildə faşizmə qarşı mübarizədə dinin imkanlarından istifadə məqsədilə Zaqafqaziya müsəlmanlarının dini qurumunun yaradılması məqsədəuyğun hesab edilir. Zaqafqaziya müsəlmanlarının I qurultayı 1944-cü il mayın 25-28-də Bakıda keçirilir. Bundan əlavə, 1944-cü ildən etibarən Cənubi Qafqazda müsəlmanların dini təşkilatlanmasındakı dualizm aradan qalxır. Zaqafqaziya Müsəlmanları Ruhani İdarəsi vahid mərkəz olur və şeyxülislam tərəfindən idarə olunur, müfti idarə sədrinin müavini sayılır və sünniməzhəb müsəlmanların dini işlərini tənzim edir.

SSRİ dağıldıqdan sonra sovet məkanında mövcud olan bütün müsəlman dini təşkilatları böhrana məruz qaldığı, parçalandığı halda, Zaqafqaziya Müsəlmanları Ruhani İdarəsi öz fəaliyyət dairəsini daha da genişləndirmişdir. 1998-ci ildə Bakıda Qafqaz müsəlmanlarının 10-cu qurultayı keçirilmişdir. Qafqaz Müsəlmanları İdarəsinin (QMİ) Gürcüstanda və Dağıstanda da nümayəndəlikləri açılmışdır.

QMİ beynəlxalq islam təşkilatları ilə əlaqəsini ardıcıl şəkildə təmin edir, qonşu müsəlman ölkələri ilə dini zəmində sıx əlaqələr yaradır. Bu gün QMİ öz səlahiyyətləri çərçivəsində Azərbaycanda islam dini icmalarına rəhbərlik edir, şəriət qayda-qanunlarının düzgün yerinə yetirilməsinə nəzarət edir. 1991-ci ildə yaradılmış Bakı İslam Universiteti ruhani kadrların yetişdirilməsi sahəsində xeyli iş görür. Bakı Dövlət Universitetinin İlahiyyat fakültəsində də 1992-ci ildən ilahiyyatçı və islamşünas mütəxəssislər hazırlanır.

Azərbaycan Respublikası Konstitusiyasının 48-ci maddəsinə əsasən, hər bir şəxs vicdan azadlığına malikdir. Dinə münasibətini müstəqil müəyyənləşdirmək, hər hansı dinə təkbaşına və ya başqaları ilə birlikdə etiqad etmək və ya heç bir dinə etiqad etməmək, dinə münasibəti ilə əlaqədar əqidəsini ifadə etmək və yaymaq hüququna malikdir. Konstitusiyanın 18-ci maddəsinin 1-3 bəndlərində göstərilir ki, Azərbaycan Respublikasında din dövlətdən ayrıdır, bütün dini etiqadlar qanun qarşısında bərabərdir, insan şəxsiyyətini alçaldan, insanlıq prinsiplərinə zidd olan dinləri yaymaq və təbliğ etmək qadağandır. Eyni zamanda dövlət təhsil sistemi də dünyəvi xarakter daşıyır. Azərbaycanda dövlət-din münasibətləri 2001-ci ildə yaradılmış Azərbaycan Respublikasının Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsi tərəfindən tənzim edilir. "Dini etiqad azadlığı haqqında" Azərbaycan Respublikasının Qanunu (1992) hər bir şəxsin dinə münasibətini müəyyənləşdirmək və ifadə etmək hüququna və həmin hüququ həyata keçirməyə təminat yaradır.

Azərbaycan əhalisinin təxminən 96 faizini müsəlmanlar, 4 faizini xristianlar, yəhudilər, bəhailər, krişnalar və digər dinlərin mənsubları təşkil edirlər. Ölkə müsəlmanlarının təxminən 60-65 faizi şiə, 35-40 faizi sünni məzhəb müsəlmanlardan ibarətdir. Xristianlığın, demək olar ki, bütün cərəyanları ölkəmizdə təmsil olunmuşdur. Belə ki, Azərbaycanda pravoslav, katolik, lüteran və protestant təriqətlərin, eləcə də tarixi Alban kilsəsinin mənsubları olan xristianlar yaşayır.

Azərbaycan Respublikasında din dövlətdən ayrıdır. Bütün dini etiqadlar qanun qarşısında bərabərdir.

Ölkədə 970 dini qurum qeydiyyatdan keçmişdir. Konfessional baxımdan onların 933-sı islam, 37-si isə qeyri- islam (xristian – 26; yəhudi – 8; krişna – 1; bəhai – 2) təmayüllüdür.

Respublikamızda Azərbaycan İlahiyyat İnstitutu və 5 dini təhsil müəssisəsi (İslam kolleci) fəalliyyət göstərir.

Ölkə ərazisində 2253 məscid mövcuddur. Azərbaycanda həmçinin 16 kilsə, 7 sinaqoq fəaliyyət göstərir.

Ölkə ərazisində 748 pir və ziyarətgah fəaliyyət göstərir, onlardan 25-i Bakı-Abşeron bölgəsinin payına düşür.

İşğaldan azad olunmuş ərazilərimizdə indiyədək təsbit olunan tarixi-dini abidələrdən 67-si məscid, 139-u məbəd, 192-si ziyarətgahdır. İşğaldan azad olunmuş ərazilərimizdəki 67 məsciddən (Şuşada 13, Ağdamda 5, Füzulidə 16, Zəngilanda 12, Cəbrayılda 5, Qubadlıda 8, Laçında 8) 63-ü tamamilə, 4-ü isə qismən dağıdılaraq yararsız hala salınıb. 

Əgər SSRİ dövründə Azərbaycanda cəmi 17 məscid fəaliyyət göstərirdisə, 2017-ci ilin əvvəlinə onların sayı 2166-ya çatmışdır. Təkcə Bakı şəhərində 136 məscid mövcuddur. Ölkədə 306 məscid dövlət tərəfindən tarixi abidə kimi qorunur. Bibiheybət məscid-ziyarətgah kompleksi, Təzəpir məscidi, İçərişəhər Cümə və Həzrət Məhəmməd məscidləri, Əjdərbəy məscidi, Heydər məscidi, Şamaxı Cümə məscidi, Gəncə “İmamzadə” kompleksi və onlarla digər dini abidə və məscid dövlət tərəfindən əsaslı şəkildə təmir və bərpa edilərək dindarların istifadəsinə verilmişdir. 
Ölkə ərazisində Əshabi-Kəhf ziyarətgahı, Qafqazın ən qədim məscidi - 743-cü ildə əsası qoyulmuş Şamaxı Cümə məscidi, Bibiheybət məscid-ziyarətgah kompleksi, Gəncə “İmamzadə” kompleksi və digər çoxsaylı abidələr Azərbaycanın islam dini-mədəni dəyərlər sisteminə əhəmiyyətli töhfəsi kimi qiymətləndirilə bilər.
Müstəqillik dövründə islam aləmi ilə münasibətlərin qurulması və inkişaf etdirilməsi Azərbaycanın xarici siyasətinin prioritet istiqamətlərindən birini təşkil etmişdir. Azərbaycanın ilk diplomatik missiyaları məhz müsəlman ölkələrində fəaliyyətə başlamış, dövlətimiz qısa zamanda İslam Əməkdaşlıq Təşkilatı  və ISESCO kimi müsəlman dünyasını birləşdirən qurumların fəal üzvünə çevrilmişdir.