Türk Dövlətləri Təşkilatının əsas qurumları Naxçıvan Sazişində öz əksini tapmışdır. Naxçıvan Sazişində Türk Dövlətləri Təşkilatının qarşısına qoyulan məqsəd və vəzifələrin yerinə yetirilməsi üçün əsas 5 qurum formalaşdırılmışdır:

• Dövlət Başçıları Şurası
• Xarici İşlər Nazirləri Şurası
• Yüksək Vəzifəli Şəxslər Komitəsi
• Ağsaqqallar Şurası
• Katiblik

Dövlət Başçıları Şurası (DBŞ) öz fəaliyyətini tərəflərin dövlət başçılarının mütəmadi görüşləri formasında həyata keçirir. Bu çərçivədə aktual beynəlxalq problemlərin həlli üzrə tərəflərin qarşılıqlı əlaqəsi məsələləri nəzərdən keçirilir, TDT çərçivəsində tərəflərin əməkdaşlığının prioritet istiqamətləri müəyyən olunur, TDT-nın fəaliyyətinin icmalı həyata keçirilir. DBŞ-nın iclasları ildə bir dəfə təşkil olunur. DBŞ-nın növbəti iclasının keçirilmə yeri, bir qayda olaraq, tərəflərin rəsmi adlarının ingilis əlifbası ardıcıllığı üzrə müəyyən edilir. DBŞ-nın növbədənkənar iclasları tərəflərin razılığı əsasında çağırıla bilər.

Xarici İşlər Nazirləri Şurası (XİNŞ) öz səlahiyyətləri çərçivəsində TDT-nın cari fəaliyyət məsələlərini nəzərdən keçirir. DBŞ-nın iclasları çərçivəsində müzakirə məqsədilə daha aktual beynəlxalq problemləri müəyyən edir. Katibliyin ştat cədvəlini və maliyyə hesabatını təsdiqləyir. XİNŞ lazım olduğu təqdirdə TDT adından bəyanatla çıxış edə bilər. XİNŞ-nın iclasları, bir qayda olaraq, DBŞ-nın iclaslarından əvvəl DBŞ iclaslarının keçirilmə yerində təşkil olunur. XİNŞ-nın növbədənkənar iclasları tərəflərin razılığı əsasında çağırıla bilər. XİNŞ-nın növbədənkənar iclaslarının keçirilmə yeri tərəflərin razılığı əsasında müəyyən olunur.

Yüksək Vəzifəli Şəxslər Komitəsi (Komitə) hər tərəfin ən azı bir nümayəndəsindən təşkil olunur. Komitə öz səlahiyyətləri çərçivəsində katibliyin fəaliyyətini əlaqələndirir. XİNŞ tərəfindən qəbul və DBŞ tərəfindən təsdiq olunmazdan öncə katiblik tərəfindən hazırlanmış sənədlərin layihələrini nəzərdən keçirir və təsdiq edir. Komitənin iclasları, bir qayda olaraq, XİNŞ-nın iclaslarından öncə çağırılır.

Türk Dövlətlərinin Ağsaqqallar Şurası (Ağsaqqallar Şurası) TDT-nın himayəsi altında olan və daimi əsasda fəaliyyət göstərən məsləhətçi-məşvərətçi strukturdur. Ağsaqqallar Şurasının fəaliyyətinin təfsilatlı aspektləri, o cümlədən maliyyə məsələləri ayrıca sənəd olan və XİNŞ tərəfindən təsdiq (qəbul) edilən Ağsaqqallar Şurasının Əsasnaməsi ilə müəyyən olunur. Ağsaqqallar Şurası öz fəaliyyətində bu sazişi və yuxarıda qeyd olunan əsasnaməni rəhbər tutur.

Katiblik TDT-nın məqsəd və vəzifələrinin yerinə yetirilməsinə yardım göstərmək məqsədilə yaradılan icraçı orqandır. Katiblik öz səlahiyyətləri çərçivəsində DBŞ, XİNŞ və Komitənin iclaslarının, eləcə də TDT-nın himayəsi altında digər görüşlərin keçirilməsi məqsədilə zəruri inzibati, təşkilati, protokol və texniki tədbirləri görür, sənəd layihələrini işləyib hazırlayır, sənədlərin arxivini yaradır və arxivləşdirmə aparır, tərəflərin təqdim etdiyi və digər beynəlxalq təşkilatlar və forumlardan alınan sənədlərin və informasiyanın toplanılması, işlənilməsi və ayrılması mərkəzi qismində çıxış edir, TDT haqqında ümumi məlumat yayır, DBŞ, XİNŞ və Komitə tərəfindən müəyyən olunan digər tapşırıq və vəzifələri icra edir.

Katibliyə rəhbərlik etmək üçün üç ildə bir rotasiya qaydasında üzv dövlətlərdən katib seçilir. Naxçıvan Sazişinin şərtlərinə görə, baş katibin səlahiyyət müddəti uzadılmasa da, əslində, onun vəzifə müddəti dövlət başçıları tərəfindən bir il müddətinə uzadıla bilir. Belə ki, Türk Dövlətləri Təşkilatının birinci baş katibi Xəlil Akıncı 2010-cu il sentyabr – 2014-cü il sentyabr aylarında bu vəzifəni icra edib. 2014-cü il iyunun 5-də Türk Dövlətləri Təşkilatının Bodrumda keçirilən 4-cü Zirvə görüşündə üzv ölkələrin dövlət başçıları tərəfindən Ramil Həsənov üç illik müddətə Türk Dövlətləri Təşkilatının baş katibi seçilib. Qazaxıstandan olan Bağdad Amreyev 3 sentyabr 2018-ci ildə Çolpan-Atada reallaşan dövlət başçılarının VI zirvə görüşündə 3 dövrlük Türk Dövlətləri Təşkilatının baş katibi seçilib.

Baş katibin müavinlərinin də səlahiyyət müddəti DBŞ tərəfindən üç illiyə müəyyən edilir və səlahiyyət müddətləri bir il daha uzadıla bilər. Naxçıvan Sazişinin 13-cü maddəsinə görə, tərəflər öz milli qanunvericiliklərinə uyğun olaraq Katiblik yanında daimi nümayəndələrini təyin edirlər.

Katiblik Türkiyənin İstanbul şəhərində yerləşir. Katiblik TDT-nın məqsəd və vəzifələrinin həyata keçirilməsi üçün bütün tərəflərin razılığı ilə müqavilələr bağlamaq, əmlaka malik olmaq, sərəncam vermək, məhkəmədə iddiaçı və ya cavabdeh qismində çıxış etmək, hesablar açmaq və pul vəsaitləri ilə əməliyyatlar həyata keçirmək hüququna malikdir.